El controlador solo generará el campo Id para usted cuando los campos se identifiquen como _id de una colección. En tu caso, Bar está incrustado dentro del Foo documento.
Por lo tanto, no tiene sentido para Bar para tener un campo de identificación generado automáticamente.
En su ejemplo, realmente no hay razón para Bar tener un _id único . Cuando consulte la colección, consultará en función del _id de Foo y tendrás Bar objetos disponibles en la respuesta.
Este es definitivamente un comportamiento intencionado.
