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¿Cómo usar $slice un resultado de $filter en MongoDB?

Una forma de hacerlo sería esta (no hay necesidad de la etapa $match dependiendo de la estructura de sus datos y su configuración de indexación, aunque es posible que desee mantenerla, por razones de rendimiento):

 db.item.aggregate([
    { "$project": { 
        "items": { 
            "$slice": [ 
                { "$filter": { 
                    "input": "$items",
                    "as": "item", 
                    "cond": { "$eq": [ "$$item.status", "active" ] } 
                }}, 
                -3,2 
            ] 
        } 
    }}
])

Sin embargo, creo que probablemente sea mejor usar la siguiente consulta:

db.items.db.aggregate([
{
    $project: {
        "items": {
            "$filter": { 
                "input": "$items",
                "as": "item", 
                "cond": { "$eq": [ "$$item.status", "active" ] } 
            }
        } 
    }
}, {
    $project: {
        "items": {
            $slice: [
                {
                    $slice: [
                        "$items",
                        {
                            $subtract: [ { $size: "$items" }, 1 ] // length of items array minus one
                        } 
                    ]
                }, 2 // max two elements
            ]
        }
    }
}])

ya que este primero eliminará el último elemento y luego limitará la salida a dos elementos, lo que probablemente sea más de lo que desea en una situación con menos de 3 elementos "activos".