¿Cuál es la mejor manera de almacenar información sobre la herencia en mongodb?

Simplemente podría almacenar los tipos y subtipos en una matriz como esta:

doc1 = {
    "_type": ["animal"],
    "name": ...
}

doc2 = {
    "_type": ["animal","dog"],
    "name": ...,
    "barkFile": ...
}

doc3 = {
    "_type": ["animal","dog","poodle"],
    "name": ...,
    "barkFile": ...,
    "haircut": ...
}

Con este modelo, la consulta db.data.find({_type:"dog"}) devuelve doc2 y doc3.