Muy bien, estaba a solo una operación de actualización de distancia. Solucioné el problema con el siguiente shell mongo update comando para reemplazar todo NaN s con null s:
El {multi: true} por reemplazar todos los fósforos.
database_name.collection_name.update({"field_name_having_NaN": {$eq: NaN}}, {$set: {"field_name_having_NaN": null}}, {multi: true});
Referencia:Operador de actualización de campo MongoDB - $set
