¿Puedes usar consultas de búsqueda en GridFS usando la API de javascript?

Puede consultar los db.files colección como cualquier otra colección:

db.collection('fs.files')
  .find({ 'metadata.author' : 'Daniel' })
  .toArray(function(err, files) {
    if (err) throw err;
    files.forEach(function(file) {
      var gs = new mongodb.GridStore(db, file._id, 'r');
      ...
    });
  });

Aunque en lugar de simple forEach es posible que desee utilizar async.each o cualquiera de los otros async.* métodos.