Encuentre un documento de toda la colección, con un valor específico anidado dentro de múltiples subdocumentos incrustados

puede usar la agregación mongodb para obtener el resultado exacto según lo requiera

Account..aggregate([
{$match:{'buildings.gateways.devices.verificationCode':"4146"}},
{$unwind:"$buildings"},
{$unwind:"$buildings.gateways"},
{$unwind:"$buildings.gateways.devices"},
{$match:{'buildings.gateways.devices.verificationCode':"4146"}}
])