Puede hacer esto con una simple actualización. Si desea actualizar todos los documentos, especifique la condición vacía {} y multi:verdadero como a continuación
db.usertest.update( {}, {$set: {"packs.super-rare": 0}}, false, true)
Vacío {} - Para que coincida con todos los documentosfalse - upsertrue - multi (actualizar varios documentos)