Lo primero que debe verificar es "hubo alguna excepción" ?
En coll.update() , no está configurando el safe variable. Si hay una excepción en la update , no será arrojado.
En su código no detecta excepciones (lo cual se sugiere) y su actualización no busca excepciones, por lo que no tiene forma de saber qué está pasando.
Lo segundo que debe verificar es "¿cómo está contando?" ?
La update El comando puede "borrar" datos, pero no puede eliminar datos (o cambiar un _id ).
¿Tienes una copia de los datos originales? ¿Puedes ejecutar tu código en un pequeño número de esos 10 o 100 y ver qué sucede?
Lo que describes no es normal con ninguno de los controladores de MongoDB . Definitivamente necesitamos más datos para resolver este problema.
