Logré corregir el error sacando el repositorio de github, editando bson.h y haciendo una node-gyp rebuild en él.
Aparentemente, el error se debe a una opción de compilación que no es compatible con los dispositivos ARM. En caso de que alguien esté interesado:
- Repositorio de clones Git aquí:
https://github.com/mongodb/node-mongodb-native - Abra
./node-mongodb-native/node_modules/bson/ext/bson.h - Cambiar
#define USE_MISALIGNED_MEMORY_ACCESSde1a0 - hacer una
node-gyp rebuildpara volver a compilar la biblioteca.
Esto funcionó para mí.