Usar el resultado de la consulta anterior en otra consulta en mongodb

Puede usar una agregación con un $match para que coincida con su condición y $lookup para mapear su campo local user a su user colección _id campo :

db.a.aggregate(
    [{
        $match: {
            "type": ObjectId("50ed90f5a70defef23000002"),
            "config.name": "alpha"
        }
    }, {
        $lookup: {
            from: "users",
            localField: "user",
            foreignField: "_id",
            as: "users"
        }
    }, {
        $unwind: "$users"
    }]);

En Javascript, con mongoose por ejemplo, puedes hacer esto con:

YourModel.aggregate(
    [{
        $match: {
            "type": ObjectId("50ed90f5a70defef23000002"),
            "config.name": "alpha"
        }
    }, {
        $lookup: {
            from: "users",
            localField: "user",
            foreignField: "_id",
            as: "users"
        }
    }, {
        $unwind: "$users"
    }],
    function(err, result) {
        console.log("lastname : " + result.users.lastname);
    });