Me encontré con el mismo problema y después de buscar en Google y buscar, encontré esta publicación https://stackoverflow.com /a/43810346/3785901
Probé este comando mencionado:
mongodump --host HOST:PORT --db SOURCE_DB --username USERNAME --password PASSWORD --archive | mongorestore --host HOST:PORT --nsFrom 'SOURCE_DB.*' --nsTo 'TARGET_DB.*' --username USERNAME --password PASSWORD --archive --drop
y funciona de maravilla. Debería funcionar en tu caso, buena suerte.
