MongoDB - ayuda con una consulta de PHP

Necesitas usar la notación de puntos:

foreach($horses as &$horse)
{
    $newdata=array('$set'=>array('horses.odds'=> array($horses['odds'] => $price)));
    $filter=array("marketId"=> $marketId);
    $c->update($filter,$newdata);
}

Consulte http://www.mongodb.org/ display/DOCS/Dot+Notation+%28Reaching+into+Objects%29 .