Lo más probable es que no tengas por qué preocuparte. La mayoría de la RAM utilizada por mongodb es simplemente caché del sistema de archivos y el sistema operativo tiene control total sobre este caché, es decir, puede liberar memoria si lo requiere otro proceso.
De forma predeterminada, con MongoDB 3.4, el mayor de "256 MB o 50 % menos 1 GB de RAM total" está reservado para la caché de WiredTiger, y esta es la única parte que el sistema operativo no puede liberar.
Por lo tanto, es poco probable que vea algún problema al ejecutar trabajos cron o similares. Siempre que ninguno de sus procesos sea eliminado por el "asesino de falta de memoria (OOM)", no se está quedando sin RAM.
