Subdocumento de actualización en Mongodb que almacena id (s)

Puedes usar la actualización método con $push operador para agregar una nueva categoría:

db.collection.update( <query>,
                      { $push: { categories: {name: "category3" } }
                   )

MongoDB Docs en $push:http://docs.mongodb.org/ manual/referencia/operador/actualizar/pulsar/