Consultar subdocumento y devolver solo subdocumento coincidente

$in en la consulta de búsqueda está diseñado para devolver documentos en lugar de subdocumentos. En su caso, mongoDB ha proporcionado el marco de agregación. Esto te ayudará a filtrar subdocumentos.

Para mongoDB <=3.0.x

db.collection.aggregate(
  { $project: { Brand: 1}},
  { $unwind: '$Brand'},
  { $match: { "Brand.name" : { $in : ["Reebok", "Adidas"]}}},
  { $group: { _id: '$_id', Brand: {$push : '$Brand' }}}
)

Modo MongoDB 3.2

db.collection.aggregate([
   {
      $project: {
         Brand: {
            $filter: {
               input: "$Brand",
               as: "Brand",
               cond: { "$$Brand.name": { $in : ["Reebok", "Adidas"]}}
            }
         }
      }
   }
])