console.log no muestra las propiedades esperadas del objeto

Probablemente tenga un objeto de documento en lugar de un objeto simple. Esos tienen un toJSON método que solo arroja las propiedades de su esquema y el _id , pero nada más. Si está copiando ese método con su for-in-loop en la appointment objeto, también se serializará de manera diferente cuando se registre.

Prueba

for (var key in appointmentsDB[i].toObject()) {
    appointment[key] = appointmentsDB[i][key];    
}

appointment.test= "res";

console.log(appointment);