Debe pasar el argumento unicode_decode_error_handler a MongoClient y usar pymongo 3.5.1 al menos.
import pymongo
import json
from pymongo import MongoClient
if __name__ == '__main__':
client = MongoClient(
host="whatever_your_host_is",
maxPoolSize=50,
unicode_decode_error_handler='ignore'
)
my_db=client['my_db']
collection=my_db['my_collection']
cursor = collection.find({"whatever": "some_stuff"})
for document in cursor:
print(document)
Parece que 'ignorar' está configurado de manera predeterminada en Python 2.7, pero en Python 3.6.1 debe hacerlo usted mismo. Esto ignorará los errores de Unicode y permitirá que el cursor continúe iterando, pymongo intentará hacer todo lo posible para reconstruir los datos JSON.
