En primer lugar, debe abrir un punto final en su servidor. Mongodb es una base de datos y, por lo tanto, puede acceder a ella desde su backend, implementando un controlador o algo similar. Luego puede hacer una llamada API a ese punto final.
$scope.del = function(data) {
$http.post('/records/' + data.id + '/delete')
.then(function(){
.... the rest of your angular code goes here
})
};