Mongo elimina duplicados en una matriz de objetos según el campo

Bueno, puede obtener el resultado deseado de 2 maneras.

Clásico

Aplanar - Eliminar duplicados (elegir la primera aparición) - Agrupar por

db.collection.aggregate([
  {
    $unwind: "$values"
  },
  {
    $group: {
      _id: "$values.id",
      values: {
        $first: "$values"
      },
      id: {
        $first: "$_id"
      },
      name: {
        $first: "$name"
      }
    }
  },
  {
    $group: {
      _id: "$id",
      name: {
        $first: "$name"
      },
      values: {
        $push: "$values"
      }
    }
  }
])

MongoPlayground

Moderno

Necesitamos usar $reduce operador.

Pseudocódigo:

values : {
  var tmp = [];
  for (var value in values) {
      if !(value.id in tmp)
        tmp.push(value);
  }
  return tmp;
}

db.collection.aggregate([
  {
    $addFields: {
      values: {
        $reduce: {
          input: "$values",
          initialValue: [],
          in: {
            $concatArrays: [
              "$$value",
              {
                $cond: [
                  {
                    $in: [
                      "$$this.id",
                      "$$value.id"
                    ]
                  },
                  [],
                  [
                    "$$this"
                  ]
                ]
              }
            ]
          }
        }
      }
    }
  }
])

MongoPlayground