Me parece que su código en realidad está tratando de establecer el campo $inc del documento en lugar de usar el modificador $inc en el campo foo.count. Esto podría ser lo que quieres:
db.foobar.update(
{ name: "Foobar" },
{
$set: { 'foo.bar': 'bar' },
$inc: { 'foo.count': 1 }
}, true)
Espero que esto ayude.
