De database-profiling-and - fragmentación :
Consulte también mongoexport solo exporta un fragmento de datos (aunque este error está solucionado desde 1.9.1 y usas una versión mucho más reciente)
Así que intenta mongoexport directamente del mongod instancia que contiene el system.profile colección que quieras.
**UPDATE**
Un segundo enfoque es no usar mongoexport sino tomar la colección directamente desde el shell de mongo (ya que puede ver la colección desde dentro del shell de mongo).
Para hacer eso, primero escriba el siguiente script y guárdelo en print-profile.js
c = db.system.profile.find();
while(c.hasNext()) {
printjson(c.next());
}
luego ejecute la siguiente línea desde el shell bash:
mongo localhost:27000/mydb print-profile.js > profile.json
Espera un poco y en profile.json tendrás los datos que necesitas.
