Agregue valores de matriz en MongoDB donde el elemento no está en la matriz

Puedes probar con bulkWrite operación en mongodb

Account.bulkWrite(
  req.body.accountTemplates.map((data) => 
    ({
      updateOne: {
        filter: { _id: req.account._id, 'templates.name' : { $ne: data.name } },
        update: { $push: { templates: { $each : data } } },
        upsert : true
      }
    })
  )
})