Actualizar matriz doble anidada mongodb

Debe definir arrayFilter para cada nivel de anidamiento, intente:

db.Test123.update(
    { "someKey" : "someValue" },
    { "$set": { "someArray.$[someArrayDoc].someNestedArray.$[someNestedArrayDoc].level": "Senior Developer" } },
    { arrayFilters: [ {"someArrayDoc.Company": "Company1"}, { "someNestedArrayDoc.name": "Nandhi" } ] }
)