Mongodb convierte múltiples objetos en una matriz, en su lugar, permanentemente

Puede probar debajo de la canalización de agregación en 3.4 versión.

A continuación, la agregación cambia las stores documento incrustado en una matriz de pares de valores clave usando $objectToArray seguido de $map para generar una matriz transformada con un nuevo campo manteniendo todos los campos existentes.

Actualización masiva para escribir la nueva estructura de tiendas.

var bulk = db.getCollection(col).initializeUnorderedBulkOp();
var count = 0;
var batch = 1;

db.getCollection(col).aggregate([
{"$match":{"store_affiliation.stores":{"$ne":{"$type":4}}}},
{"$addFields":{
  "stores":{
      "$map":{
        "input":{"$objectToArray": "$store_affiliation.stores"}, 
        "in":{
           "store_code":"$$this.k", 
           "role":"$$this.v.role", 
           "startdate":"$$this.v.startdate", 
           "enddate":"$$this.v.enddate", 
           "permissions":"$$this.v.permissions"
         }
      }
    }
}}]).forEach(function(doc){ 
    var _id = doc._id; 
    var stores = doc.stores; 
    bulk.find({ "_id" : _id }).updateOne(
      { $set: {"store_affiliation.stores" : stores} }
   ); 
    count++;  
    if (count == batch) { 
        bulk.execute(); 
        bulk = db.getCollection(col).initializeUnorderedBulkOp(); 
        count = 0;
    } 
});

if (count > 0) { 
    bulk.execute(); 
}