¿Cómo promediar los valores resumidos en mongodb?

Simplemente puede agregar más etapas a su canalización de agregación. Por ejemplo:

db.items.aggregate([
    {$match:
        {           
            status:"online"
        }
    },
    {$group :
        {
            _id: "$category",
            total_price: {$sum:"$price"},
        }
    },
    {$match:
        {           
            total_price:{$gt:50}
        }
    },
    {$group :
        {
            _id: "1",
            avg_price: {$avg:"$total_price"},
        }
    },
]);

EDITADO basado en aclaraciones