Objetos incrustados de Ember-data almacenados como objetos separados

Está utilizando RESTadapter... cuando está guardando, ¿quiere serializar todas las relaciones incrustadas?

Cuando esté guardando o actualizando su registro, pase en el hash de opciones al método toJSON con

{associations: true}

Eche un vistazo a las pruebas unitarias en ember-data para ver ejemplos:https://github.com/emberjs/data/blob/master/packages/ember-data/tests/unit/to_json_test.js

deepEqual(record.toJSON({ associations: true }),
        { id: 1, name: "Chad", phone_numbers: [{
            id: 7,
            number: '123'
          },
          {
            id: 8,
            number: '345'
          },
          {
            id: 9,
            number: '789'
          }
        ]},
        "association is updated after editing associations array");
});

Espero que esto ayude..