Depende en gran medida de la relación entre sus objetos (es decir, la proporción de la cantidad de objetos en cada lado de la relación y la frecuencia de las actualizaciones), por lo que depende de su aplicación y requisitos.
Un buen recurso para mirar (que podría tomar como 'mejor práctica') es el blog de MongoDB sobre desnormalización:
http:/ /blog.mongodb.org/post/87200945828/6-rules-of-thumb-for-mongodb-schema-design-part-1
http:/ /blog.mongodb.org/post/87892923503/6-rules-of-thumb-for-mongodb-schema-design-part-2
http:/ /blog.mongodb.org/post/88473035333/6-rules-of-thumb-for-mongodb-schema-design-part-3
en resumen, porque es un tema amplio:estamos hablando de la relación N-N, y depende de la proporción de N
Si los objetos son inmutables, se recomienda anidarlos en otro objeto, ya que no tendrá que lidiar con las actualizaciones y la búsqueda se hace trivial.
Si los objetos no son inmutables, debe sopesar el costo de las actualizaciones frente al costo de buscar en una colección para buscar ID y luego buscar en la otra colección los objetos asociados con esa/esas ID.
