Parece bastante probable, dado el uso de puntos suspensivos en la lista de su esquema, que hay más propiedades que isDeleted bajo los metadata propiedad. Entonces tu objeto debería ser:
var searchOptions = { "metadata.isDeleted": false } };
El motivo de esto es que, de lo contrario, la consulta busca un documento con "exactamente" y "solo" las propiedades nombradas en metadata clave:
var searchOptions = { metadata: { isDeleted: false } };
Y cuando ese no es el caso, entonces, por supuesto, no hay coincidencia.
