¿El resultado de la consulta Mongoose .find contiene metadatos de la consulta? no puede simplemente proyectar manualmente cada propiedad de la colección, ¿cómo obtener solo el documento?

Mongoose siempre devuelve un objeto mongoose de instancia, que es inmutable de forma predeterminada. Para obtener el objeto JS simple, intente consultar con lean() así:

const query = Job.find({
    _id: {
        $in: data.jobs
    }
});

let result = await query.lean().exec();

Puede leer más sobre lean en:https://mongoosejs.com/docs/tutorials/lean .html

Espero que esto ayude :)