Cómo actualizar un elemento de matriz particular en MongoDB

Puede usar el $ operador posicional para identificar el primer elemento de la matriz que coincida con la consulta en la actualización de esta manera:

db.VariantEntries.update({
    "pos": 17060409,
    "sampleID": "Job1373964150558382243283", 
    "information.name":"Category"
},{
    $set:{'information.$.value':'11'}
})