No vi una respuesta y tuve la misma pregunta hoy.
Puede soltar la base de datos antes con:
use <db>
db.dropDatabase()
O solo puedes soltar la colección con:
db.<collection>.drop()
El problema con su comando podría ser que falte algo, como la base de datos contra la que se autentica o el usuario o tal vez otra cosa.
En mi configuración esto funciona
mongorestore --username=<user> --db=<database> --authenticationDatabase=<database> --dir=<dumpdir> --drop
Si su volcado se comprimió de antemano, puede agregar el indicador --gzip al final.
Puede encontrar todo eso en la documentación para colocar una base de datos o en la documentación de descartar una base de datos completa. Pero tenga cuidado con eso.
