Tendrá que hacer esto usted mismo en el código de su aplicación, consultando el documento y recorriendo todos sus documentos anidados; y luego guárdelo de nuevo en MongoDB.
Para evitar condiciones de carrera con esto, consulte la sección de comparación e intercambio en http://www.mongodb.org/display/DOCS/Atomic+Operations
Actualmente hay un ticket abierto para agregar esta funcionalidad a MongoDB. Es posible que desee votarlo:https://jira.mongodb.org/browse/ SERVIDOR-1243