¡Respondiendo a mi propia pregunta!
Parecía estar pasando algo tonto con la instalación de cerveza de MongoDB. Reinstalarlo manualmente desde http://docs. mongodb.org/manual/tutorial/instalar-mongodb-en-os-x/ y luego restaurar mi base de datos respaldada pareció funcionar.
Todavía me encantaría saber desde un punto de vista técnico/de código por qué mi entorno de repente decidió comenzar a devolver el ID de objeto BSON de 12 bytes en lugar del ID de objeto hexadecimal... pero hasta entonces, con suerte, una reinstalación manual simple ayudará a otros. que se encuentran con este extraño problema!
