Si desea usar native(), siempre puede probar la misma consulta directamente en su mongo-DB. Debido a que _id es un ID de objeto, debe
var ObjectId = require('mongodb').ObjectID;
User.native(function (err, collection) {
collection.update({_id: new ObjectId(anIdVariable)},{$push:{pubs:aPubsVariable}}, function (err) {
});
Puede agregar el controlador nativo de mongo a su aplicación con npm install mongodb --save