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La función mongodb findOneAndUpdate está insertando un nuevo documento

dbModel.findOneAndUpdate() de mongoose inserta un nuevo documento solo cuando su consulta de filtro (donde claus) no pudo encontrar el documento existente, es decir, no existe ningún documento coincidente en su colección. Entonces mongoose insertará el nuevo documento en la colección. Esto funciona de manera similar a upsert:true de update()

Ref :Documentos oficiales sobre findOneAndUpdate