Cómo importar de manera eficiente muchos archivos JSON grandes directamente desde S3 a MongoDB

No necesita almacenar archivos intermedios, puede canalizar la salida del archivo s3 a stdout y puede obtener entrada a mongoimport desde la entrada estándar.

Tu comando completo se vería así:

s3cmd get s3://<yourFilename> - | mongoimport -d <dbName> -c <collectionName>

tenga en cuenta el - que dice enviar el archivo a stdout en lugar de un nombre de archivo.