Actualizar elemento de matriz en mongo

Cuando mongodb consulta un campo de matriz, proporciona un operador posicional $ que puede usar para acceder a un elemento específico en esa matriz. Puede usar un operador elemMatch para buscar en los campos dentro de una matriz de objetos.

Ejemplo:

db.myCollection.find({
   _id: ObjectId("53b1a44350f148976b0b6044"),
   myArray: {
      $elemMatch: {key1: 'somevalue'}
   }
}, {
   $set:{
      'myArray.$.key2': 'someOtherValue'
   }
});

Ver:http://docs.mongodb.org/manual/reference/ operador/actualizar/posicional/