el problema esta aqui
const app = require("../index.js"); // the express server
Cada vez que intenta solicitar el index.js técnicamente copia y pega todo el código desde dentro de index.js a su script de prueba.
Dado que ejecuta varios archivos de prueba al mismo tiempo, cada prueba intenta ejecutar el mismo código dentro de index.js
Puede leer más en este http://fredkschott. com/post/2014/06/require-and-the-module-system/
