¿Cómo actualizar el documento incrustado en mongoose?

cuando ya tiene el usuario, puede hacer algo como esto:

var listing = req.user.userListings.id(req.params.listingId);

listing.isRead = args.isRead;
listing.isFavorite = args.isFavorite;
listing.isArchived = args.isArchived;

req.user.save(function (err) {
  // ...
});

como se encuentra aquí:http://mongoosejs.com/docs/subdocs.html

* * advertencia * *

como señaló @zach, debe declarar el esquema del subdocumento antes del esquema del documento real para poder usar el id() método.