¿Cómo actualizo un campo específico en mongoose?

$ es la solución:

Job.update(
    { 
        _id: found._id, 
        'candidates.user': req.params.user_id
    },
    {
        $set: { 'candidates.$.status': 'Accepted'} },
    }, function(err, count) {
           if (err) return next(err);
           callback(err, count);
});