Esa consulta no tiene sentido. Está solicitando el _id
único y de un solo valor campo para tener todos de dos valores distintos al mismo tiempo .
Creo que quieres $in
:
db.database.collection.find({ "_id" : {
"$in" :
[ObjectId('4ee371837c93dd33dc000003'),
ObjectId('4eef9f647c93dd1a90000000')] } })