Como se muestra en la sección de introducción de los documentos redis.Redis y redis.StrictRedis ambos toman un número entero db argumento como parámetro del constructor. Eso le dará una instancia efectivamente aislada.
Podría hacer algo como lo siguiente:
rs1 = redis.Redis(host="localhost", db=0)
rs2 = redis.Redis(host="localhost", db=1)
flushdb() borrará todas las claves de la base de datos a la que está conectado, mientras que flushall() borrará todas las claves de cada base de datos.