Utilizo la funcionalidad de comparación de esquemas y datos integrada en la última versión Microsoft Visual Studio 2015 Community Edition (Gratis) o Professional / Premium / Ultimate edition. ¡Funciona de maravilla!

https://channel9.msdn.com/Events/Visual-Studio/Launch-2013/VS108
Herramienta de comparación de datos SQL de Red-Gate es mi segunda alternativa:

(fuente:spaanjaars.com)
- https://www.red-gate.com/products/sql-development/sql-compare/
- https://www.red-gate.com/products/sql-development/sql-data-compare/