Así es como puede deshabilitar/habilitar índices en SQL Server:
--Disable Index ALTER INDEX [IX_Users_UserID] SalesDB.Users DISABLE
GO
--Enable Index ALTER INDEX [IX_Users_UserID] SalesDB.Users REBUILD
Aquí hay algunos recursos para ayudarlo a encontrar una solución:
Algunas comparaciones de velocidad de carga masiva
Use SqlBulkCopy para cargar rápidamente datos de su cliente a SQL Server
Optimización del rendimiento de las copias masivas
Definitivamente busque en las opciones NOCHECK y TABLOCK:
Sugerencias de tabla (Transact-SQL)
INSERTAR (Transact-SQL)