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¿Cómo recorrer solo los archivos que no existen en el destino usando un paquete SSIS?

Aquí hay una posible solución con dos suposiciones:

  1. Este paquete movió todos los archivos de la carpeta de destino.
  2. Los nombres de los archivos son únicos.

Puede agregar un paso de registro de nombre de archivo al ETL.

Cree una nueva tabla de registro en la base de datos con una columna para el nombre del archivo. En cada ciclo del paquete, escriba el nombre del archivo en esta tabla. Luego puede usar eso como una tabla de búsqueda simple que es utilizada por alguna lógica condicional en el ETL para verificar si el nombre del archivo que se procesa coincide con un archivo existente.

Exactamente cómo implemente el paso de registro y la verificación condicional (podría ser un flujo de datos condicional, realizado en una tarea de secuencia de comandos, etc.) dependerá del diseño de su paquete, pero debería lograr lo que está buscando.