Cómo cotejar SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS usando el operador IN

...
NOT IN (SELECT email COLLATE SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS AS email FROM Customer)

El bit de clasificación sigue al nombre de la columna, básicamente.

O esto (depende de cuál quieras):

SELECT * FROM #temp WHERE email collate SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS NOT IN (SELECT email FROM Customer) 

Finalmente, si su base de datos es SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS, una opción es usar ...COLLATE Database_Default... para obligar a una configuración predeterminada.