¿Cuál es el mejor método para obtener siempre 2 decimales en Oracle?

Bueno, podrías usar ROUND()

$sth = $dbh->prepare("SELECT ROUND(net_total,2) FROM order_totals WHERE order_no = $id");

O aún mejor:

$sth = $dbh->prepare("SELECT TO_CHAR(net_total,'99.99') FROM order_totals WHERE order_no = $id");