¿Cómo truncar una tabla restringida de clave externa?

Sí puedes:

SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;

TRUNCATE table1;
TRUNCATE table2;

SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1;

Con estas declaraciones, corre el riesgo de dejar filas en sus tablas que no se adhieren a la FOREIGN KEY restricciones.