Asumiendo que está usando PHP 5.3+, podría estar experimentando uno de los Backward Cambios de incompatibilidad :
La nueva biblioteca mysqlnd requiere el uso del nuevo formato de contraseña de 41 bytes de MySQL 4.1. El uso continuado de las antiguas contraseñas de 16 bytes hará que mysql_connect() y funciones similares emitan el error "mysqlnd no puede conectarse a MySQL 4.1+ usando la autenticación antigua".
Si es así, consulte https://stackoverflow.com/a/1340538/187954 para obtener información sobre cómo actualizar su contraseña.
