PDO es un poco más lento que mysql_*Pero tiene una gran portabilidad. PDO proporciona una interfaz única en múltiples bases de datos. Eso significa que puede usar varias bases de datos sin usar mysql_query para mysql, mssql_query para MS sql, etc. Simplemente use algo como $db->query("INSERT INTO...") siempre. No importa qué controlador de base de datos esté utilizando.
Por lo tanto, para proyectos más grandes o portátiles, es preferible PDO. Incluso zend framework usa PDO.
